كما يجب على الكلى أن تدفع ثمن تراكم الفضلات الحمضية: يجب أن تزيد من نشاطها في الترشيح وإزالة هذه المواد من الدم. ومن خلال شرب الماء القلوي، فإننا نقدم خدمة للكلى. فوظيفة الكلى الفعالة مهمة جدًا لكفاءة وظيفة الجهاز المناعي والوقاية من الأمراض.
حصى الكلى هي نتيجة التحمض القوي في الكلى. فالجسيمات الصغيرة التي تتجمع في النهاية لتشكل تكوينات أكبر وأصعب هي ملح حمض الفوسفوريك وحمض اليوريك، إلى جانب المعادن القلوية مثل الكالسيوم و(أو) المغنيسيوم لتخفيف الآثار السامة لهذه الأحماض.
يمنع شرب الماء القلوي من تكوين حصوات الكلى أو يساعد على إذابة الحصوات الموجودة بالفعل والتخلص منها.